西暦2199年。目的地イスカンダルで〈コスモリバースシステム〉を受領し、大マゼラン銀河を後にしようとしていたヤマト。
だが突如、大マゼラン外縁部で謎の機動部隊と遭遇する。

彼らの正体は「ガトランティス｣と判明、指揮官はグタバ遠征軍大都督「雷鳴のゴラン・ダガーム｣と名乗り、ヤマトの引渡しを要求してきた。
戦闘を避け、地球に急ぎたいヤマト。しかしダガームは空間を超越する謎のビーム兵器による猛攻をかける。その兵器の名は［火焔直撃砲］。それはガトランティスの誇る最新兵器だった。

間一髪、ワープすることで退避できたものの、薄鈍色（うすにびいろ）の異空間へと迷い込んでしまう。まるで意志を持ったように舵を切り、謎の惑星へと誘われるヤマト。情報収集のため、古代、桐生、沢村、新見、相原の5人がこの惑星へと降下する。
地表に降り立った彼らが見たものは、そこにあるはずのない[艦（ふね）]だった。

そしてヤマトの空間航跡を追ってワープしたダガームもまた、薄鈍色の宇宙へとたどり着く。その眼前に輝くヤマトが誘われた惑星こそ、彼らが探し求めていた宝の星であった。ダガームは邪魔なヤマトをあぶりだすべく火炎直撃砲の砲門を惑星へと向けるのであった。