STORY

動乱の幕末で「最強」の伝説を残した男、緋村剣心。かつては“人斬り抜刀斎”と恐れられたが、新時代の到来と共に、人々を助けるため日本中を流浪していた。ある時、東京へ出てきた剣心は、アヘンで手にした莫大な金で武器を買い、世界を制しようと企む実業家の武田観柳と、その護衛・鵜堂刃衛と凄絶な戦いを繰り広げる。なんとか討ち勝った剣心は、神谷薫、相楽左之助、高荷恵、明神弥彦ら大切な仲間と心穏やかな日々を送っていた。
そんな時、剣心は内務卿の大久保利通に呼び出され、剣心から“影の人斬り役”を引き継いだ志々雄真実が、京都で暗躍していると聞く。新政府に裏切られ身体を焼かれたはずが、全身包帯の姿で甦った志々雄は、一大兵力を形成し、クーデターを狙っていた!大久保は剣心に「志々雄を討てるのは、お前しかいない」と頼むが、かつて剣の腕も頭の回転の速さも剣心とほぼ互角だった志々雄は、今や誰もが恐れる最狂の敵だった。 剣心を嘲笑うかのように、大久保が白昼の公道で、志々雄の特攻部隊“十本刀”の筆頭、瀬田宗次郎に暗殺される。覚悟を決めた剣心は、斎藤一が指揮をとる京都へ向かう。必死で止める薫を抱きしめ、「今までありがとう」と別れを告げて。
剣心は道中、逆刃刀を盗もうとした巻町操と道連れになり、志々雄が支配する新月村に立ち寄る。屈強な手下たちを一瞬で倒す剣心に、にこやかに拍手を贈る宗次郎。村の屋敷で、志々雄と剣心、宿命で結ばれた二人が、とうとう対面を果たす。
「明治政府への復讐か」と問う剣心に、「この傷は色々なことを教えてくれた。むしろ感謝している」と不敵に応じる志々雄。この国を手に入れると宣言する志々雄に剣心は刀を抜くが、逆刃刀を見た志々雄は宗次郎に相手を命じ、「人斬りに戻って出直してきな」と去って行く。剣心と同じ抜刀術を構える宗次郎。刀と刀がぶつかり合った瞬間、なんと剣心の逆刃刀が真っ二つに！
京都に着いた剣心は操の育ての親、翁と出会う。幕府を影で守った隠密御庭番衆だった翁は、幕府に口封じで殺された仲間たちのために、剣心を倒して己が最強だと証明しようとしている元御頭の四乃森蒼紫を案じていた。剣心の敵は志々雄だけではなかったのだ。
剣心は逆刃刀の生みの親・新井赤空を訪ねるが、すでに亡くなっていた。彼の息子の青空に頼むも、二度と刀は作らないと断られてしまう。しかし、赤空の最後の一振りがあると聞きつけた、十本刀の一人、沢下条張の魔の手が、青空と家族に迫る。不殺の誓いを破らなければ、志々雄一派を止めることはできないのか 迷う剣心の前に薫が現れる! 剣心を追って東京から駆けつけたのだ。
やがて、志々雄の計画が明らかになる。維新志士たちが企て、新撰組に阻止された京都大火を、今果たそうというのだ。遂にその日が訪れ、決行の時が迫る。
だが、燃える炎の影に、もっと恐るべき陰謀が隠されていた?！